4C 技术称环状染色质构象捕获 (circular chromosome conformation capture) 或芯片染色质构象捕获 (chromosome conformation capture-on-chip) ．4C 技术的基本原理可概括为：福尔马林瞬时固定细胞核内的染色质，用过量的限制性内切酶将染色质 蛋白质交联物酶切消化，在 DNA 浓度极低、连接酶浓度极高的条件下将消化物用连接酶连接，蛋白酶 K 消化交联物以释放蛋白质(以上几步与 3C 相同)．此时，已知 DNA 片段(bait)与未知 DNA 片段

　　(通常位于基因调控区)已经酶连成环状，使用 bait 的特异 PCR 引物进行反向 PCR，若在福尔马林固定细胞时这些 DNA 片段间存在蛋白质因子介导的物理接触，此时应有 PCR 产物．对 PCR 产物进行序列分析可确定互作染色质的位置及互作的可能性。